En medio de un concurso de karaoke, Saki y Mai descubren que el tiempo se ha detenido de repente. Siguiendo a algunos espíritus, terminan en la Tierra de los Relojes donde encuentran a Sirloin, un guerrero de Dark Fall que mantiene como rehén al Reloj Infinito. Naturalmente, Pretty Cure no tolerará esto, y comenzarán a luchar. ¿Pero pueden dejar de pelear entre ellos primero?

L’histoire se déroule dans un univers alternatif à Fate/Stay Night. Nous suivons Illya qui deviendra une Magical Girl Prisma après être tombé sur un bâton magique : le Kaleido Stick Ruby. Elle devra récupérer les mystérieuses cartes des Servants dispersées dans toute la ville de Fuyuki.